Khổ qua có điểm yếu là hột to, phần thịt quả quá mỏng nên mau chóng không thể cạnh tranh với các giống quả sầu riêng có cơm dày hạt lép.[3] Khi thời tiết thất thường, mưa nhiều, thường dẫn đến thịt quả nhiều nước và bị chảy nhão không còn chắc thịt.[11] Quả cũng dễ bị tình trạng cơm trắng và sượng cơm, tức phần thịt quả ăn không có màu vàng bình thường mà chỉ có màu trắng và hương vị rất nhạt. Với các vấn đề về chất lượng quả, sầu riêng Khổ qua không có khả năng xuất khẩu ra ngoài thị trường Việt Nam.[12] Ngoài ra do năng suất kém, một cây cho trung bình 130-140 trái/năm, lớn hơn giống Mon Thong chỉ cho trung bình 60-80 trái/năm, nhưng tổng cân nặng lẫn giá cả đều thua kém.[9] Do đó, diện tích trồng cho mục đích thương mại ngày càng thu hẹp.

Vào năm 2004, giá được thương lái thu mua tại vườn đối với sầu riêng Chín Hóa là 18.000 VND/kg thì sầu riêng Khổ qua xanh chỉ được mua với giá 7-8.000 VND/kg.[13] Khổ qua cũng như các giống sầu riêng khác ở đồng bằng sông Cửu Long, chúng thường xuyên trải qua tình trạng thị trường "mất mùa được giá", có lúc "trúng mùa mất giá". Một thời điểm vào tháng 4 năm 2006, giá Khổ qua xanh bán tại vườn là 9-10.000 VND/kg chỉ sau một tháng đã tụt xuống còn 5-6.000 VND/kg.[14] Bên cạnh giá bán và năng suất thấp, chi phí vật tư nông nghiệp ngày càng cao đối với nông dân, nên việc trồng các giống sầu riêng kém hiệu quả kinh tế như Khổ qua trở nên tốn kém.[10] Ngoài phân bón, cây trồng cần được xịt thuốc diệt rầy định kỳ, thuốc đọt, thuốc bông, thuốc dưỡng lá, thuốc sâu cho bông, thuốc sâu cho quả.[10] Do đó, lợi nhuận không bù nổi chi phí.[10]

Từ trước năm 2020, nông dân trồng sầu riêng thu được lợi nhuận rất lớn,[15][16] về sau do hạn mặn làm chết cây, và do khủng hoảng bởi mùa dịch COVID khiến thị trường Trung Quốc đóng cửa, nên ngành sản xuất trở nên khó khăn. Khổ qua tuy không phải mặt hàng xuất khẩu như Mon Thong và Ri6 nhưng vẫn chịu cuộc khủng hoảng chung.[15] Ngay từ khoảng năm 2010-2015, nông dân trồng sầu riêng từng bước loại bỏ các giống chất lượng thua kém trên thị trường sầu riêng như Khổ qua, chuyển sang trồng các giống năng suất cao hơn.[16][17]